灰指甲的出现，主要归因于真菌感染指甲及其周围组织。这种真菌，特别是皮肤癣菌中的红色毛癣菌、须癣毛癣菌等，是灰指甲的主要病原体。它们通过直接或间接的方式侵入指甲，如共用个人物品、皮肤接触、指甲受外伤或长期暴露于潮湿环境等，都为真菌的入侵提供了条件。